RECRUTEMENT

UMRS_1193 (Inserm/Université Paris-Saclay), Villejuif

CDD Ingénieur(e) d'études - Production d'organoïdes hépatiques encapsulés dans des perles d'alginate

Emploi

Cette offre de poste d’ingénieur(e) s’intègre dans un projet soutenu par la région Ile-de- France qui vise à produire à moyenne/grande échelle, à partir de cellules souches pluripotentes induites, des organoïdes hépatiques encapsulés dans des perles d’alginate dans un objectif d’utilisation en toxicologie prédictive. Ce projet est conduit grâce à un partenariat académique (UMR_S 1193) et industriel (société CYPRIO).

Mission:

CDD: 24 mois

Affectation:

UMRS_1193 / Université Paris-Saclay
Lieu: Bâtiment Lavoisier – Hôpital Paul-Brousse – 12-14 Avenue Paul Vaillant- Couturier, 94800 Villejuif

Profil recherché et compétences requises:

Ingénieur(e)/ Mastère 2 en biologie, physiologie, biochimie ou biologie moléculaire, ou équivalent (débutant(e) accepté(e), sous réserve de compétences minimales suffisantes en rapport avec les activités prévues décrites ci-dessous).
Maîtrise de l’anglais scientifique et de l’environnement informatique.

Conception et mise en œuvre de protocoles expérimentaux.

Activités:

– Biologie cellulaire et imagerie : culture cellulaire (entretien et différenciation des cellules souches pluripotentes induites), immunohistochimie, immunofluorescence, microscopie et analyse d’images.
– Biologie moléculaire et biochimie: extraction d’acides nucléiques et de protéines, PCR, qRT- PCR, western-blot, ELISA.

– Analyse, rédaction et exploitation de résultats expérimentaux.
– Veille scientifique et technologique.
– Participation et prise de responsabilités dans les tâches collectives.

Contraintes particulières: travail en L2, astreinte de week-end par roulement pour l’entretien des cellules.

Une vaccination anti-COVID est exigée.
Contacts:
jean-charles.duclos-vallee@aphp.fr; anne.dubart@inserm.fr

Déposé le 23/09/2022

IRSN, Fontenay-aux-Roses

Inflammatory & autophagy pathways analyses in renal cells exposed to uranyl.

Stage

Missions : L’objectif du stage consistera à étudier certains mécanismes toxicologiques de l’U à faibles
doses sur des cellules épithéliales rénales (RPTEC-TERT1) et sur un nouveau modèle organoïde rénal.
Nous aborderons le rôle de l’autophagie et/ou des voies inflammatoires dans la réponse cellulaire à
l’exposition à l’U. Dans le cadre de ce stage, le candidat devra participer aux expériences de culture
cellulaire (suivi, exposition, échantillonnage) et aux analyses de biochimie, biologie moléculaire et
histologie pour caractériser les réponses de ces voies moléculaires. Des échantillons de surnageants
cellulaires, d’ARN et de protéines totales seront analysés pour étudier les mécanismes moléculaires
impliqués dans la réponse cellulaire et moléculaire de l’exposition à l’uranium.
Une thèse de doctorat est financée par l’ANR dans le cadre du projet BIOCUBK et pourra être proposée
à l’issue de ce stage de Master 2.
Profil : Inscrit en Master 2 dans les domaines de la toxicologie, la biologie cellulaire ou la
physiopathologie, vous participerez à la réalisation du projet de recherche BIOCUBK financé par l’ANR.
Vous êtes organisé et possédez une expérience sur les techniques expérimentales de laboratoire de
biologie cellulaire, biologie moléculaire et biochimie (RT-PCR, histologie, immunohistologie, ELISA…).
La compréhension de l’anglais est nécessaire.
Rigoureux, vous avez le goût du travail de recherche en équipe et avez le sens de la communication.
Votre esprit critique et d’initiative seront des aptitudes comportementales appréciées.
Personne à contacter :
Yann GUEGUEN, PhD, HDR
courriel yann.gueguen@irsn.fr l tel +33(0)1 58 35 99 78

Déposé le 20/09/2022


Contact(s) :
Yann GUEGUEN

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Transgene, Strasbourg

Chercheur-Chef de projet pour la plateforme « tumor on chip » (H/F) en CDI

Emploi

Missions :
Au sein de la Direction Recherche et Innovation, vous mettez en place de nouveaux modèles
tumoraux in vitro basés sur des systèmes microphysiologiques en condition fluidique, pour évaluer
les produits d’immunothérapies développés par Transgene.

Vous assurez la valorisation de ces travaux au sein de la communauté scientifique.

Vos principales missions sont les suivantes :

• Vous assurez la conception et la réalisation de modèles fluidiques ou statiques in vitro en
fonction des besoins scientifiques et/ou faites évoluer ceux déjà existants de l’entreprise :

Etablir des modèles cellulaires complexes en 3D avec des cocultures cellulaires (cellules
tumorales issues de biopsies, lignées cellulaires, …) ;

Maitriser les techniques d’immunologie cellulaires in vitro ;

Maitriser les techniques d’immunohistochimie et d’immunofluorescence ;

Réaliser des analyses virologiques (infection, titration, caractérisation moléculaire).

Vous documentez, analysez les résultats et participez à leur valorisation.

Vous gérez les moyens humains et matériels nécessaires à la réalisation des études :

Assurer un suivi rigoureux des délais ;

Évaluer la pertinence des investissements (temps, matériels, humains) au regard des
besoins réels ;

Coordonner une équipe sur son projet et être support d’étudiant(s) niveau Ingénieur
Master ou PhD ;

Faire respecter les consignes et les bonnes pratiques de sécurité. Proposer des solutions
en matière de sécurité, en lien avec le service HSE

Être garant des résultats, du respect du budget et de la tenue des délais du projet.

Vous contribuez aux projets R&D microfluidiques collaboratifs Innovative Medicines
Initiative (IMI).

Vous assurez une veille technique et scientifique :

Se former régulièrement aux nouvelles technologies ;

Être force de proposition.

Profil :

Vous possédez un doctorat en Microfluidique/Biologie Cellulaire.

Vous avez une première expérience avec des systèmes microphysiologiques et des modèles
tumoraux 3D.

Vous maitrisez les techniques de culture cellulaire pour la génération et la production
d’organoïdes.

Vous avez une bonne connaissance des méthodes d’analyses (Imagerie, test de cytotoxicité, ELISA,
cytométrie en flux, RTPCR…)

Langue anglaise : B2.

La maîtrise d’un logiciel d’imagerie type FiJi ou NIS sera un plus

Vous voulez rejoindre aujourd’hui une équipe qui prépare la médecine de demain ? Adressez
vos candidatures à : https://transgene.mycv.tech/froffres.html

Déposé le 09/09/2022

Institut Curie, Paris

Trafic intracellulaire dans les cellules souches pluripotentes induites

Post-doctorat

Le projet de recherche, financé par l’ANR et supervisé par Gaelle Boncompain, porte sur l’organisation et les fonctions de l’appareil de Golgi dans les cellules souches pluripotentes induites (iPS) indifférenciées et différenciées en plusieurs types cellulaires. Ce projet sera mené au sein de l’équipe “Dynamique de l’organisation intracellulaire” dirigée par Franck Perez dans l’unité “Biologie cellulaire et cancer” (https://curie.fr/equipe/perez). La langue de travail dans l’équipe et dans le département est l’anglais.
Le transport des protéines sécrétoires est nécessaire pour remplir des fonctions cellulaires essentielles. Au centre de la voie sécrétoire, l’appareil de Golgi joue un rôle essentiel pour gérer la diversité des cargaisons transportées vers les différents compartiments et libérées par les cellules.
L’objectif principal du projet est de comprendre la capacité d’adaptation de l’appareil de Golgi lorsque des besoins spécifiques de sécrétion sont requis et d’explorer la spécialisation des fonctions cellulaires lors de la différenciation cellulaire.

Le Centre de recherche de l’Institut Curie
L’Institut Curie est un acteur majeur de la recherche et de la lutte contre le cancer. Il est constitué d’un hôpital et d’un Centre de recherche de plus de 1000 collaborateurs avec une forte représentativité internationale.
L’objectif du Centre de recherche de l’institut Curie est de développer la recherche fondamentale et d’utiliser les connaissances produites pour améliorer le diagnostic, le pronostic, la thérapeutique des cancers dans le cadre du continuum entre la recherche fondamentale et l’innovation au service du malade. L’Institut Curie est composé de 13 unités de recherche couvrant différents domaines (e.g. épigénétique, immunologie, biologie cellulaire, chimie et biologie, physique et biologie) et de 19 plateformes technologiques de pointe (e.g. imagerie, cytométrie, microscopie électronique,
génomique, protéomique).


Profil recherché
Le candidat doit être titulaire d’un doctorat en biologie moléculaire, cellulaire et/ou du développement, avec de bonnes connaissances en biologie cellulaire et de solides compétences expérimentales. Une expérience préalable en imagerie d’organoïdes et/ou de tissus, idéalement en imagerie par fluorescence d’échantillons vivants, serait un plus.
Le candidat doit être capable de travailler en anglais ou en français et doit faire preuve d’une forte motivation personnelle et de rigueur scientifique.
Un financement initial de 12 mois est déjà disponible. Il est attendu du candidat qu’il ait un dossier compétitif pour demander un financement externe pour l’extension du contrat audelà de 12 mois.
Le poste est disponible à partir de l’automne 2022.

Informations sur le contrat
Type de contrat : CDD
Date de démarrage : automne 2022
Durée du contrat : financement de 12 mois, possibilité dextension sous réserve dobtention de financement
Temps de travail : Temps complet forfait jour
Rémunération : selon les grilles en vigueur
Avantages : Restauration collective, prise en charge du titre de transport annuel à 70%, mutuelle d’entreprise
Localisation du poste : Paris

Contact :
Pour postuler, merci d’envoyer CV, lettre de motivation et les informations de contact de 2 référents à
gaelle.boncompain@curie.fr
Date de parution de l’offre : 5 avril 2022

Déposé le 31/08/2022

Medical University of Innsbruck, Innsbruck

3D-bioprinted tissue to study β-oxidation defects.

Thèse

You will be supervised in tandem by Judith Hagenbuchner and Katrin Watschinger, both members of
the FG15. The team surrounding you during your PhD thesis is very dynamic and offers two fully
established labs with state of the art equipment, supportive working atmosphere and an inspiring
scientific community. The laboratory of PD Dr. Judith Hagenbuchner is part of the paediatrics research
labs, whereas Prof. Watschinger is located in the Biocenter Innsbruck, Institute of Biological Chemistry

Specific questions:
Establish/refine a fully 3D bioprinted model of healthy and βoxidation defective fibroblasts to
study the localization of mitochondrial oxidative damage in 3D tissue

investigate mitochondrial interconnectivity and exchange between cells

Analyze how ether lipid composition varies among different primary VLCADD and LCHADD
fibroblasts and how it contributes to lipid damage

monitor mitochondrial rearrangement and sites of ROS accumulation after different
stressors/rescuers to further understand the differences in βoxidation defects for therapy

Qualification profile:
master degree with s
trong background in biology, biotechnology, pharmacy, or related
strong interest in molecular biology, tissue engineering and cellular pathways

excellent communication and organisational skills

highly selfmotivated and enthusiastic

Application deadline: Sept 15 2022, application details can be found on

https://www.imed.ac.at/fg15/application.html

Déposé le 25/08/2022

IGBMC, STRASBOURG

Culture Cellulaire

Emploi

COMPÉTENCES TECHNIQUES

Connaissances

  • Connaissances approfondies en biologie cellulaire
  • Connaissance de la réglementation Hygiène et Sécurité
  • Connaissance des domaines d’application de la biologie cellulaire

Compétences opérationnelles

  • Maîtrise des techniques de culture cellulaire
  • Bonne condition physique nécessaire à la manipulation de cryoconservateurs de grande capacité
  • Savoir utiliser des appareillages spécifiques et en assurer la maintenance
  • Savoir utiliser l’outil informatique pour la gestion des stocks des lignées cellulaires et des commandes de cellules
  • Savoir adapter les protocoles expérimentaux dans Ie cadre de nouveaux projets
  • Savoir rédiger des rapports d’expérience
  • Bonne organisation du travail

Compétences comportementales

  • Être respectueux
  • Autonome et polyvalent
  • Savoir être rigoureux et méthodique
  • Savoir participer à un travail d’équipe
  • Communiquer et collaborer avec les collaborateurs externes au service pour gérer des projets

INFORMATIONS COMPLÉMENTAIRES

  • Travail occasionnel Ie week-end et les jours fériés
  • Port E.P.I (Equipement de Protection Individuel) obligatoire
  • Travail occasionnel:

– à 37°C

– à +4°C

– à -20°C

  • en laboratoire confiné L2/L3 (virus)
  • sur écran

Manipulation d’azote liquide

Port de charges lourdes

Déposé le 24/08/2022

INSERM U1065, C3M, NICE

Organoid Phenotypes Mapping and Modeling : Toward and Endocrine Disruptors Classification.

Thèse

Organoid Phenotypes Mapping and Modeling: Toward an Endocrine Disruptors
Classification
.
Supervisor: Dr S. Clavel

Endocrine disruptors (EDCs) are a category of pollutants that stems essentially from human activities
(chemical industry). Human exposure to low doses of EDCs occurs, from fetal life to old age, primarily
through the consumption of products contaminated by these substances from plastics, pesticides, etc.
To limit risks associated with these chemical compounds, the European Union (EU) is trying to regulate
marketing of new synthetic molecules with potential endocrine disrupting activity. To tackle this
problem and unlock technical leverage, we propose to use the cutting-edge organoid technology to
test the toxicity of EDCs on human organs. “Organoid” is an emerging and fast-growing technology
opening a new era in human physiology and medicine. An organoid is a three-dimensional construction
composed of multiple cell types that originates from stem cells or organ-specific progenitors by means
of self-organization and is capable of simulating the architecture and functionality of native organs.
The aim of our proposal is to develop computational tools and models to allow the use of organoid
technology for EDC toxicity testing. The project is thus divided in two main objectives: to build up and
analyze a phenotypic landscape of EDC effect on organoid and to develop explicative or predictive
models for their growth.

Déposé le 24/08/2022

INSERM U1065, C3M, NICE

UBTD1: an ubiquitin scaffold protein at the cross roads of cell mechanics and cell metabolism.

Thèse

UBTD1: an ubiquitin scaffold protein at the cross roads of cell mechanics and cell
metabolism
.
Supervisors: Dr S. Clavel & Dr T. Bertero

Tissue dynamics in living organisms — morphogenesis, collective migration and self-organization —
emerge from cellular interactions within a tissue. Understanding the spatiotemporal control of cell
behavior thus requires the information transmission from structural complexity of tissues to their
constituent cells. Mechanotransduction enables this transmission by sensing mechanical
environments and adapting cellular behaviors. Recently we identified UBTD1, an ubiquitin domain-
containing protein as a crucial regulator of mechanotransduction and as a regulator of lipid
homeostasis. UBTD1 functions remain largely unknown, especially regarding its role in
mechanotransduction. Also remain enigmatic whether and how UBTD1 controls cell metabolism to
match the metabolic needs of hyperproliferative cells. The goal of this proposal is to unveil the
metabolic circuit controled by UBTD1 in cell mechanics
.

Déposé le 24/08/2022

University of Montpellier, Montpellier

Organoids - Inner Ear

Post-doctorat

We are looking for a motivated and creative postdoctoral fellow to join the inner ear stem cell
biology Research Lab (https://lbn.umontpellier.fr/azelzine/) and study normal and pathological
development of the human inner ear using stem cellderived organoids as a model system.

We recently developed 2D and 3Dbased in vitro differentiation systems to generate an enriched
population of inner ear sensory cells from human induced pluripotent stem cells via controlled
induction and stepwise guidance that mimics the otic in vivo microenvironment. By optimizing
this novel model system, we aim at elucidating the mechanisms underlying inner ear sensory
cell differentiation and identifying means to promote hair cell protection and regeneration in the
human cochlea and
opens the door for developing new strategies to cure hearing loss.
The Zine lab is a highly collaborative group with diverse research backgrounds ranging from
stem cell biology, neuroscience, and molecular biology. The experimental approaches we are
currently using include 2D and 3Doraganoid culture systems of human pluripotent stem cells,
bioengineering, cochlear explants, RNAseq, 3D imaging/microscopy.

Applicants should have a Ph.D. degree in a relevant discipline and hands on experience with
induced pluripotent stem cells and 3D stem cell biology is required. Computational skills for
RNAseq and/or single cell data analysis would be an advantage. Effective written/verbal English
communication skills are required.

Funding is available for supporting this position for one year renewable up to three years. The
application is open until the position is filled. The starting date is flexible.

If interested, please send: curriculum vita, a description of research accomplishments and
names of two references to Dr. Azel Zine (
azel.zine@umontpellier.fr), Vice Chair for
Laboratory of Bioengineering and Nanoscience at the University of Montpellier, France

Déposé le 26/07/2022


Contact(s) :
Azel ZINE

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Institut de Recherche en Santé Digestive / LAAS CNRS, Toulouse

Développement d'une Plate-Forme de Criblage Thérapeutique pour les Pathologies Intestinales (Colon-Sur-Puce)

Thèse

L’épithélium intestinal est l’une des principales interfaces entre le monde extérieur et notre
organisme intérieur. Il établit une barrière dynamique permettant l’absorption des nutriments
alimentaires et l’exclusion des composés nocifs de la lumière, tout en permettant le
prélèvement d’antigènes au sein du tube digestif. Cette capacité à contrôler l’absorption et à
protéger des dommages causés par les substances nocives est définie comme la fonction de
barrière intestinale (IBF). L’IBF est altérée dans les maladies inflammatoires de l’intestin
(MICI), mais aussi le cancer. Les MICI se caractérisent par une inflammation chronique et
une altération de la régénération intestinale conduisant à un processus de cicatrisation
anormal et incomplet. L’inflammation peut être traitée par des anti-inflammatoires, mais aucun
traitement ne permet la régénération de l’épithélium avec toutes ses caractéristiques
fonctionnelles. Les cellules souches intestinales (ISC) présentes dans les cryptes intestinales
assurent le renouvellement de toute la muqueuse intestinale en une semaine. Dans les MICI,
les capacités régénératives des ISC sont altérées. Malgré les efforts de recherche, la
compréhension des mécanismes impliqués dans les capacités de régénération des ISC
humaines reste partielle.
Les organoïdes intestinaux 3D permettent de recréer des mini-organes épithéliaux intestinaux
pour étudier la capacité de l’ISC à reconstituer un épithélium entièrement fonctionnel.
Cependant, étant cultivés en 3D au sein d’un matrigel™, ils ne reproduisent pas correctement
la topologie intestin/côlon et rendent difficile l’accès au compartiment luminal. Ainsi, des
modèles synthétiques in vitro tels que les organes-sur-puce permettant le contrôle de
paramètres spécifiques (topologie tissulaire, rigidité et distribution des flux de nutriments) sont
nécessaires pour étudier l’interface lumière/épithélium et les impacts de l’architecture
tissulaire sur le comportement et le devenir des cellules. En effet, le colon-sur-puce humain
est une technologie innovante susceptible de remplacer les études animales in vivo par des
modèles in vitro qui imitent la physiologie humaine à des niveaux de base. Les organes-sur-
puce sont conçus pour surmonter les limites des systèmes de culture cellulaire
bidimensionnels (2D) en imitant l’organisation tissulaire 3D et les signaux
microenvironnementaux qui sont physiologiquement et cliniquement pertinents.
Contrairement aux études animales, ces modèles peuvent être configurés pour un criblage à
haut contenu ou à haut débit dans le développement préclinique de médicaments.
Nous avons récemment breveté un colon-sur-puce conçu pour fournir un contrôle dynamique
luminal et basal par injection dans le système (milieu de culture, médicaments, colorants,
anticorps, microbiote, …) ainsi que la création de gradients et la possibilité de collecter et
analyser en temps réel le flux sortant (paramètres métaboliques-pH, oxygène, lactate… ;
analyse par spectrométrie de masse (MS)). Ce dispositif, ensemencé avec des organoïdes
du côlon dérivés de patients et des cultures de fibroblastes (sains et IBD), sera un outil
innovant et puissant pour étudier la régénération intestinale humaine, ainsi que les
événements affectés ou pouvant affecter l’épithélium du côlon dans les IBD tels que IBF,
l’interaction avec le microbiote, et les impacts des nutriments/contaminants
alimentaires/polluants sur l’épithélium, ainsi que le dépistage des médicaments.

Déposé le 20/07/2022

Université Paris-Saclay, Gif-sur-Yvette

Microfluidic/3D Tumor and Microenvironment Engineering

Post-doctorat

Clinical context
The preclinical development of cancer therapies generally involves the evaluation of potential anticancer agents
on tumor cell cultures in vitro. The poor performance in terms of predicting therapeutic responses in humans from
available in vivo or in vitro models has motivated the search for alternative in vitro models that are truly predictive
of human cancer. A recent approach to in vitro cancer modeling is based on the development of organs on
microfluidic chips associated with the culture of spheroids allowing to recapitulate the multicellular architecture,
the tissuetissue interfaces, and the physiologically relevant physical microenvironment of cancers in the human
body. man. In this context, the TumFlu project funded by the LABEX LaSIPS proposes to manufacture and
optimize a dedicated microfluidic device then to undertake the culture of tumor spheroids in the microfluidic
system and finally to study the role of the tumor microenvironment (stiffness, oxygenation) on the proliferation
and cell migration and response to treatments.

The scientific objectives are:

Design and fabrication of a microfluidic device

Construction of a 3D tumor model

Optimization and validation of cell culture in the microfluidic device

Understand how environmental conditions (i.e., biochemical, and mechanical clues) will affect tumor
progression and metastatic capacity.

Required skill profile

We are looking for a motivated fulltime post doc who will work on the construction of a biomimetic device able
to reproduce in vitro the physiopathological conditions of tumors in vivo by opportune combination of 3D cell
culture conditions and microfluidic technology.

The candidate must hold a PhD in biology, microtechnology or tissue engineering. To carry out this
interdisciplinary project the candidate should possess solid skills in the areas of cell biology, biological assays
and/or tumormicroenvironment interactions. Validated experience in microengineering and microfluidics (e.g.,
photolithography and microfluidic fabrication processes, flow control in biochip, etc…) is highly desirable.

The candidate must be proficient in oral and written English. We are looking for candidates interested to work in
a multidisciplinary research environment, who have excellent communication skills, are teamoriented, focused,
selfmotivated, trustworthy, critical, and openminded.

Location

The postdoctoral internship will take place mainly within the CNRS C2N laboratories (Centre for Nanosciences
and Nanotechnologies) and the Institut Galien ParisSaclay of ParisSaclay University in close collaboration with
the CNRS LMPS laboratory (Laboratory of Mechanics ParisSaclay), CentraleSupélec, ParisSaclay University
within the framework of the LABEX LaSIPS TumFlu project. ParisSaclay University is located about 25 km
south of Paris on the plateau de Saclay.

Contacts

For enquires about the position, please email Dr
Bertrand David (bertrand.david@centralesupelec.fr), Dr Anne
Marie Haghiri
(annemarie.haghiri@c2n.upsaclay.fr) or Dr Simona Mura (simona.mura@universiteparis
saclay.fr
). with the subject “LabexLaSIPS_postdoc”. To apply, please send a detailed CV with names and contact
information of 3 referees, a complete list of publications and a statement of research interest. The application
documents must be sent as a single PDF file. Incomplete applications will not be considered for evaluation
Applications will be considered as received, for a start of contract between October and December 2022

Déposé le 20/07/2022

Institut Pasteur, Paris

Microfluidic modelling of cancer immunotherapy using patient-derived organoids.

Post-doctorat

The objective is to quantify and understand the interactions between tumor
organoids and cytotoxic T cells in microfluidic systems. For this we will use our
recently published microfluidic technology (1) while increasing the biological
relevance of the cancer and immune models for the clinical setting. We will
particularly search for early biomarkers that predict the final outcome of the
immune challenge of the 3D organoid and link them to patient outcomes.
The candidate : The ideal candidate should have a strong track record in
bio-engineering, biophysics, or related area. Experimental skills in organoids
or microfluidics is a plus. A desire to work in a multidisciplinary team is a
prerequisite. He/she should be comfortable with quantitative image and data
analysis, while working closely with other group members who bring comple-
mentary skills on theoretical and experimental aspects.
Candidate’s main focus areas :
— Perfrom microfluidics experiments involving organoids and immune cells
— Optimize imaging and perform image analysis, compare with mathematical models
— Determine functional and molecular biomarkers of successful vs. unsuccessful killing
— Interface with collaborators for biological, microfluidics, and data analysis aspects
The consortium : The project will take place at Institut Pasteur and Ecole Polytechnique, where our
research is focused on understanding the link between the single-cell characteristics and the collective pro-
perties that emerge at the scale of a population (2). The post-doc will work closely with our collaborators
at the Institut Gustave Roussy cancer hospital, as well as other academic and startup partners.
To apply or for further information : Applicants are invited send a CV with a publication list and the
names of three referees to Charles Baroud (charles.baroud@pasteur.fr). A cover letter indicating the main
achievements in the relevant field is welcome.
References
(1) Ronteix, G., Jain, S., Angely, C., Cazaux, M., Khazen, R., Bousso, P., & Baroud, C. N. (2022). High
resolution microfluidic assay and probabilistic modeling reveal cooperation between T cells in tumor killing.
Nature Communications, 13(1), 1-13.
(2) Sart, S. et al. (2020). Mapping the structure and biological functions within mesenchymal bodies using
microfluidics. Science advances, 6(10), eaaw7853.

Déposé le 01/07/2022

INSERM U1245 CANCER AND BRAIN GENOMICS, Rouen

Développement de modèles organoïdes cérébraux permettant d’évaluer le potentiel oncogénique de variants pathogéniques associés aux gliomes pédiatriques

Thèse

Parmi les cancers pédiatriques, les tumeurs primitives du système nerveux central représentent la seconde cause de cancer chez les enfants, les adolescents et les jeunes adultes. Sur bien des aspects, tels que leur épidémiologie, leurs origines cellulaires, leurs réponses aux traitements, ces tumeurs apparaissent distinctes de celles qui se développent chez l’adulte. En particulier, les gliomes de l’enfant et du jeune adulte présentent une charge mutationnelle 3 à 4 fois plus faible que les gliomes de l’adulte impliquant une contribution de la prédisposition génétique plus élevée. L’hypothèse d’un lien entre programmes oncogéniques et altérations neurodéveloppementales à l’origine de gliomes chez l’enfant est corroborée par l’identification de profils mutationnels distincts de ceux observés chez l’adulte, corrélés à la localisation de la tumeur ainsi qu’à l’âge du patient.
La caractérisation extensive des altérations génétiques et transcriptomiques est désormais d’une importance capitale dans la prise en charge de ces patients. Or, si le nombre de variants pathogéniques constitutionnels identifiés est croissant, le nombre de cibles thérapeutiques actionnables reste relativement modeste du fait d’une évaluation insuffisante des cibles et vulnérabilités moléculaires les plus prometteuses. Ainsi nous développerons des organoïdes cérébraux dérivés de cellules iPS humaines comme modèles d’étude in vitro du potentiel oncogénique de différents variants pathogéniques récemment identifiés dans le contexte du gliome de l’enfant et du jeune adulte. Ces modèles capables de reproduire les processus neurodéveloppementaux précoces permettront l’étude i) de la dynamique spatiotemporelle des interactions cellules néoplasiques-environnement tissulaire cérébral, ii) des signatures moléculaires à l’origine de l’initiation et de la progression tumorale, voire iii) la mise en évidence de cibles thérapeutiques potentiellement actionnables dans le futur.

Déposé le 03/06/2022

Institut Pasteur, Paris

Molecular mechanisms of degenerative processes in physiological and accelerated ageing

Thèse

Ageing is dramatically accelerated in some rare genetic disorders like Cockayne syndrome (CS),
which is mostly fatal, but the molecular mechanisms of this process have not been elucidated. We
discovered a major defective pathway of this progeroid disease that implies mitochondrial dysfunction,
generated by oxidative and nitrosative stress (PNAS 2015), and is distinct from a well-established DNA
repair impairment in this disease. We rescued the defect in CS patient cells using a scavenger of
oxidative/nitrosative stress paving the path to therapeutic perspectives that are missing to date. We
recently reported that progeroid-linked molecular defects also occur during cellular senescence, a process
associated with regular ageing (Nature Comms 2019), and have evidences of epigenetic modifications
leading to these alterations (BioRxiv, 2021). We focus here on the underlying molecular mechanisms of
CS and their occurrence during regular ageing. A major subject of this thesis project is to understand the
link between, oxidative/nitrosative stress, epigenetic alterations and mitochondrial dysfunction in
promoting accelerated and physiological ageing.
We plan to investigate CS molecular and mitochondrial defects also in the context of whole genome
structure and expression, in collaboration with OMICS specialists. For this we count on cells from patients
with different severity (in collaboration with CS clinicians) and on CRISPR/Cas9 isogenic models that we
have constructed. Finally, this project aims to investigate the role of CSB, which is not only a DNA repair
protein, but also a transcription and chromatin remodeling factor, in the homeostasis on normal cells and
its impact in preventing ageing. As animal models poorly recapitulate the disease, and patient material is
rare and mostly unavailable, we generate induced pluripotent stem cells (iPSCs) from cells of patient with
different clinical severity. From iPSCs we are also deriving differentiated cells and cerebral organoids to
assess molecular, cellular, and intercellular alterations that are responsible for the accelerated ageingrelated
degeneration in this disease. Part of this material is available, other material will be generated
during this thesis project, aiming to understand underlying mechanism of degeneration linked to
pathophysiological ageing.

Déposé le 18/05/2022

BRM team, CEA/IRIG & LSIV group/LETI CEA Grenoble, Grenoble

Development of metastases trap on chip (MetasTRAP)

Post-doctorat

In close collaboration with the group of O. Filhol-Cochet (IMAC team, Unit Biosanté), with the Laboratoire Systèmes d’Imagerie pour le Vivant (LSIV) and the laboratoire des systèmes microfluidiques et bio-ingénierie (LSMB) at Leti-CEA,
the MetasTRAP project aims to develop a microfluidic device containing a biomimetic metastatic niche to analyze the metastatic process of tumor cells by optical techniques (Figure 1). The majority of the solid tumors generate metastasis in the bone. Developing a bone on chip will therefore permit to study the aggressiveness of metastatic cells and, in the future, to test anti-metastatic drugs [1, 2]. So far, only few organ on chip devices have been developed for this purpose [2, 3] . The complementarity of the three teams involved in this multidisciplinary approach, is a great advantage and a source of originality.

Déposé le 10/05/2022