RECRUTEMENT

BRM team, CEA/IRIG & LSIV group/LETI CEA Grenoble, Grenoble

Development of metastases trap on chip (MetasTRAP)

Post-doctorat

In close collaboration with the group of O. Filhol-Cochet (IMAC team, Unit Biosanté), with the Laboratoire Systèmes d’Imagerie pour le Vivant (LSIV) and the laboratoire des systèmes microfluidiques et bio-ingénierie (LSMB) at Leti-CEA,
the MetasTRAP project aims to develop a microfluidic device containing a biomimetic metastatic niche to analyze the metastatic process of tumor cells by optical techniques (Figure 1). The majority of the solid tumors generate metastasis in the bone. Developing a bone on chip will therefore permit to study the aggressiveness of metastatic cells and, in the future, to test anti-metastatic drugs [1, 2]. So far, only few organ on chip devices have been developed for this purpose [2, 3] . The complementarity of the three teams involved in this multidisciplinary approach, is a great advantage and a source of originality.

Déposé le 10/05/2022

Centre d’Etude des Pathologies Respiratoires – Inserm U1100, Tours

Développement d’un modèle biomimétique de cavités nasales pour l’étude des anticorps inhalés

Thèse

Titre en français : Développement d’un modèle biomimétique de cavités nasales pour l’étude des anticorps inhalés

Mots clés : Modèle biomimétique, épithélium nasal en interface air-liquide, inhalation, modèles stéréolithographiés, système microfluidique, anticorps.

Le projet de thèse propose de développer un modèle 3D biomimétique reproduisant l’anatomie et l’environnement biologique de la cavité nasale humaine permettant de prédire le dépôt dans les cavités nasales et d’évaluer la toxicité et l’efficacité des Ac thérapeutiques inhalés, à visée nasale, administrés avec un dispositif médical à visée humaine, facilitant ainsi l’extrapolation des résultats à l’homme. Il sera particulièrement pertinent pour le développement de traitements précoces des infections respiratoires virales, comme celles dues aux virus SARS-CoV-2, au virus respiratoire syncitial ou à celui de la grippe, qui se multiplient dans les cavités nasales, puis se disséminent dans le poumon où ils peuvent conduire à des pneumonies sévères. Ce modèle s’inscrit également dans une démarche éthique, en accord avec le principe des 3R (réduire, remplacer et raffiner), pour proposer une alternative non-animale pour le développement des médicaments inhalés.

Déposé le 29/04/2022

AgroParisTech, Orléans

Enseignant-chercheur contractuel « Biologie de la peau et actifs cosmétiques » (CDI)

Emploi

La Chaire Cosmétiques a pour objectif de renforcer et de rendre plus visible les expertises présentes à
l’AgroParisTech en matière de formation d’ingénieurs capables d’évoluer dans le secteur des industries
cosmétiques. Dans cet objectif, la chaire apportera les moyens et l’environnement permettant de
développer une offre de formation spécifique en 2ème et 3ème années, adossée aux domaines 2
(ingénierie des aliments, biomolécules et énergie) et 4 (ingénierie et santé : homme, bioproduits,
environnement). En 2ème année, l’offre comportera des modules proposés à partir de l’UC2 en janvier.
En 3ème année, une nouvelle dominante d’approfondissement (DA) Cosm’éthique est créée dans le
cadre de la chaire et localisée principalement à Orléans. A l’égale des autres dominantes
AgroParisTech, cette nouvelle DA reposera sur une formation pluridisciplinaire apportant à la fois des
compétences en gestion de projet, en communication et en management, et les compétences
scientifiques et techniques propres au secteur visé, en l’occurrence celui des industries cosmétiques.
Ces dernières compétences porteront sur la conception et le développement de produits cosmétiques,
la conception et la mise en oeuvre de procédés de transformation, la gestion de systèmes industriels
de production, mais également sur l’étude des effets de produits cosmétiques sur la peau et la santé
de l’Homme, et sur les voies d’action permettant d’optimiser leur impact physiologique. Les
connaissances fondamentales en physiologie cutanée et les compétences en évaluation d’actifs
cosmétiques participent en effet à une compréhension systémique, interdisciplinaire et multi-échelle
des enjeux et défis de l’innovation cosmétique. Ce champ de compétences n’étant actuellement pas
couvert par les enseignants-chercheurs AgroParisTech, il est nécessaire de recruter un enseignantchercheur/
enseignante-chercheuse (EC) expert·e en biologie de la peau (mécanismes cellulaires et
moléculaires impliqués dans les fonctions cutanées ; modèles cellulaires d’évaluation (2D, en matrice
complexe, modèles de peau reconstruite) et investi·e dans la recherche translationnelle en dermocosmétique.

Déposé le 26/04/2022

UMR-S1113 - IRFAC, Strasbourg

Le récepteur nucléaire TRalpha1 dans l’intestin normal et le cancer du côlon

Thèse

Les objectifs du projet sont:
-Analyser la fonction de TRα1 dans la muqueuse intestinale normale et dans les cancers dans des systèmes modèles in vivo (souris), ex vivo (enteroïdes, colonoïdes et tumoroïdes issus de souris et de patients) et in vitro (cultures 2D et 3D).
-Évaluer les retombées dans les patients.
Mots clés: Cellules souches; Cellules souches cancéreuses; cancer du colon ; Récepteur nucléaire des hormones thyroïdiennes

Déposé le 26/04/2022

CEA, Grenoble

Neurogénèse tumorale sur puce

Thèse

La néoneurogenèse tumorale désigne la prolifération et la différentiation de progéniteurs neuronaux au sein de tumeurs, un phénomène découvert récemment qui favorise la progression tumorale et la dissémination métastatique. L’objectif de la thèse est d’étudier dans une puce microfluidique la migration des progéniteurs neuronaux qui sont attirés par certaines tumeurs. Nous souhaitons enregistrer les trajectoires des progéniteurs et caractériser leur interaction avec des cultures cellulaires 3D modélisant des tumeurs.
Pour cela, l’équipe Biomics au CEA Grenoble et le Laboratoire Cancer et Microenvironnement au CEA Fontenay-aux-Roses maîtrisent le développement d’organoïdes (modèles 3D sains) et de tumoroïdes (modèles 3D cancéreux) de prostate, de pancréas et de sein, ainsi que l’isolement de progéniteurs neuronaux dans le système nerveux central de souris. Ces types cellulaires seront mis en présence dans une puce microfluidique au sein d’un mini-incubateur, et suivis pendant plusieurs jours par vidéomicroscopie holographique, pour quantifier la chimioattraction des progéniteurs neuronaux par les organoïdes et les tumoroïdes.

Déposé le 25/04/2022

TENS – The Enteric Nervous System, Nantes

Assistant ingénieur : Culture des cellules souches pluripotentes et différenciation en organoïdes du tube digestif

Emploi

Emploi-type
Assistant de recherche BAP BAP A3A43

Missions
Vous aurez la charge de la mise en place et de la réalisation de protocoles de génération de modèles in vitro humains de l’intestin à partir de cellules souches pluripotentes. Cette activité s’inscrit dans le cadre d’un projet en partenariat avec l’industrie. Activités principales • Assurer la mise en oeuvre des protocoles et le suivi d’expérimentation sur les modèles cellulaires intestinaux humains; • Assurer la mise en oeuvre des protocoles et le suivi d’expérimentation sur les cellules souches à pluripotence induite (iPSCs) ; • Assurer la production des réactifs nécessaires à la culture des iPSC et cellules différenciées ; • Participer à la mise en place des lignées iPSC stables et le suivi des registres associés • Prélever et conditionner des échantillons en vue d’une expérimentation • Appliquer les réglementations liées aux activités expérimentales • Gérer des bases de données ou des banques d’échantillons • Assurer le contrôle qualité des lignées établies, leur maintien et conservation ; • Collecter et mettre en forme les informations nécessaires à la bonne conduite de l’expérimentation : cahier de laboratoire, cahier d’expériences, registres • Initier les utilisateurs aux techniques du domaine et aux équipements du laboratoire • Consigner, mettre en forme et présenter les résultats

Déposé le 11/04/2022

ART BioPrint facility, Bordeaux

Novel Bioprinting approaches for the creation of advanced pancreatic cancer initiation models

Thèse

Pancreatic cancer is a complex and progressive disease, and in-depth studies of cancer initiation, migration, and progression-associated mechanisms that can lead to the development of new therapeutic strategies, are urgently needed. This pathology involves spatiotemporal changes, cell–microenvironment and cell–cell interactions, and evolutive signal transmission in cells, which makes the fabrication of in vitro tumor models extremely challenging. Animal models have advanced our understanding of this complex diseases, nonetheless these are complex, time consuming, expensive and ethically restrictive. In recent years, advances in biomaterials and biofabrication methods, especially bioprinting technology, have paved the way for innovative platform technologies for in vitro cancer research. Indeed, 3D bioprinting is an attractive additive manufacturing technique that allows, starting from a digital model, the deposition of biomaterials loaded with cells and biologic molecules, and the production of 3D objects with complex shapes. This makes bioprinting a tool of choice for the creation of high-throughput cancer models and enable the study of cancer ontogenesis. In this process, the following parameters are key: A) the precision of cell deposition, including different cell types, as a mean to evaluate the heterotopic communication between different relevant cells, B) the ability to control local cell concentration and their precise 3D positioning within a matrix, enabling the creation of near-physiological models, C) the ability to replicate the same model with great precision and within a small volume, allowing the evaluation of a desired mechanism at high-throughput with strong statistical power.

Déposé le 11/04/2022

Institut Jean Lamour, Nancy

A vessel on-chip model to assess nano-object pharmacokinetic

Thèse

Numerous studies evaluate pharmacokinetic properties of nano-objects, but very few established correlations between
physico-chemical design, toxicity and therapeutic efficiency of nanoparticles (NPs) in human1. Indeed, when injected in
the body, NPs face rapid covering by various proteins (so-called protein corona, PC)2, which modify NPs surface
properties (energy, chemistry, size), and biological responses (cell uptake, toxicity). This can either completely contradict
or enhance NPs therapeutic efficiency demonstrated either in 2D or 3D in-vitro models3. This discrepancy results from the
huge influence of dynamic flow imposed by human bloodstream, tuning the PC formation compared to static conditions.
The dynamic flow creates shear stress (tangential force of the flowing blood), which stimulates the endothelial surface of
blood vessels and provides a continual source of biomolecules4. To establish new outcomes about the role of PC on the
biodistribution and circulation, dynamic studies considering blood composition and blood dynamic constraints (shear,
circumferential, longitudinal stresses…) applied to NP and the vessel wall must be conducted. To the best of our knowledge,
only two studies were conducted in dynamic media those last two years5,6, but were restricted to coated PDMS-based
microfluidic systems with one fixed shear stress. Those systems are of course interesting, but the crucial influences of the
bio-fluid dynamic depending on blood vessel type as well as the interaction with the vessel wall are missing. Indeed, the
interaction between the shear stress imposed by blood flow to the vessel wall, NPs and the endothelial layer in direct contact
with the flow cannot be monitored. On the other hand, different attempts were developed very recently for the
characterization of PC covering NPs such as NIR-FCS7, asymmetrical flow field-flow fractionation (AF4)8, cryo-TEM9 to
establish PC fingerprint and to link this signature to the behavior of cells in contact with NPs. Those crucial and recent
technological developments can be transposed within the project to the study of functional NPs injected in biomimetic
vessels. Indeed, all those current studies referred to NPs in a static environment whereas by using a biomimetic
system, where the shear stress can be tuned by controlling the fluid dynamic, this project will be able to provide new
insight on PC formation in a model of capillaries, which represent the smallest vessels from which NPs are
distributed to tissues.
To the best of our knowledge, nothing is known about PC formation under dynamic condition, which has a major
influence on NP pharmacokinetics and pharmacodynamics. This PhD project aims to develop a vessel-on-chip model
in order to determine parameters (NP surface, biofluid flow velocity, composition…) influencing PC formation
around NPs under physiological condition of dynamic flow. To achieve this aim, a microfluidic system composed of
channels covered by a layer of endothelial cells mimicking capillaries will be developed. This microfluidic system
models the arrival of nanomedicines to the targeted tissue to highlight the influence of dynamic shear stress on NPs covering
by proteins. To consider shear stress influence, NPs will be tested and deeply characterized after their injection in the vesselon-
chip model. The PhD project will then enable the study of NP surface interaction at the nanoscale in robust vessel models
by combining the know-how, i.e. vessel mechanic and physiology, and material sciences of CITHEFOR and IJL,
respectively.

1) Shi, J.; et al. Cancer Nanomedicine: Progress, Challenges and Opportunities. Nat Rev Cancer 2017, 17 (1),
20–37.
(2) Mahmoudi, M.; et al. Protein−Nanoparticle Interactions: Opportunities and Challenges. Chem. Rev. 2011,
111 (9), 5610–5637.
(3) Ke, P. C. et al. A Decade of the Protein Corona. ACS Nano 2017, 11 (12), 11773–11776.
(4) Caracciolo, G. et al. Identity of Nanoparticles In Vivo : Clinical Implications of the Protein Corona. Trends
in Biotechnology 2017, 35 (3), 257–264.
(5) Ho, Y. T. et al. Quantifying Vascular Distribution and Adhesion of Nanoparticles with Protein Corona in
Microflow. Langmuir 2018, 34 (12), 3731–3741.
(6) Lee, T.-R. et al. On the Near-Wall Accumulation of Injectable Particles in the Microcirculation: Smaller Is
Not Better. Sci Rep 2013, 3 (1), 2079.
(7) Negwer, I. et al. Monitoring Drug Nanocarriers in Human Blood by Near-Infrared Fluorescence Correlation
Spectroscopy. Nat Commun 2018, 9 (1), 5306.
(8) Alberg, I. et al. Polymeric Nanoparticles with Neglectable Protein Corona. Small 2020, 16 (18), 1907574.
(9) Sheibani, S. et al. Nanoscale Characterization of the Biomolecular Corona by Cryo-Electron Microscopy,
Cryo-Electron Tomography, and Image Simulation. Nat Commun 2021, 12 (1), 573.

Keywords: vessel; vessel on chip; protein-corona

Déposé le 11/04/2022

Centre de Recherche Cardio-Thoracique de Bordeaux (INSERM U1045), Bordeaux

Bronchial remodeling

Thèse

This doctoral position is funded for three years and is available from September 1st, 2022. It is supported by an Agence Nationale de la Recherche (ANR AAP2021 “BRONCHIOLE”, coordinator: I. Dupin) grant. Chronic obstructive pulmonary disease (COPD) is a major public health disease (i.e., 3rd cause of death worldwide) characterized by persistent airflow limitation. To overcome the limitations of current distal bronchial models, the PhD student will : (1) develop a “bronchioid” model with human bronchial epithelial cells, bronchial smooth muscle cells and fibroblasts; (2) build a 3D bronchioid that resembles the phenotype and functionalities of distal airways of COPD patients, by incorporating infiltrating neutrophils and exposing the lumen to cigarette smoke.
This project is intrinsically interdisciplinary, and relies on basic and translational approaches together with a combination of advanced cell imaging and innovative 3D multicellular models to originally decipher essential and novel mechanisms governing COPD pathophysiology. The project involves 2 complementary partners, with chest physicians and physiologists from INSERM U1045 (Team ‘Bronchial remodeling’) and biophysicists form UMR CNRS 5298 (Team ‘Bioimaging and Optofluidics’). The student will drive the project with supervision and mentoring from group leader Isabelle Dupin, designing, performing, and analyzing experiments, working with other members of the team, preparing publications from the project.

Déposé le 23/03/2022

CEA, Paris

Esophageal tissue engineering using bioprinting techniques

Post-doctorat

Due to disease such as cancer or accidents such as caustic burns, the esophagus is sometimes irreversibly damaged and the only option is to remove it and replace it by using the stomach and part of the digestive tract, which often leads to serious complications and even in the best cases to poor functional results and poor quality of life. The most advanced current developments in tissue engineering for the esophagus is the use of decellularized donor tissue and clinical trials are ongoing at St Louis Hospital in this area. This approach however still presents some limitations, in particular related to donor shortage and inflammatory response. In order to prepare the next generation approach, the lab initiated a project funded by MSD Avenir to build an esophagus substitute using 3D printing. This bottom-up approach which uses bioinks as a starting material allows full control over 3D architecture and the construct can be thus personalized to the patient’s morphology and pathology, including smaller sizes for pediatric patients, in unlimited supply which is a great advantage over donor tissue. We have patented a formulation based on both natural and synthetic polymers which shows similar mechanical properties when compared to native esophagi, good suturability as well as high porosity to allow cell colonization. It also presents slow degradation as the ultimate aim is that it be replaced with native regenerated tissue over time.

Déposé le 23/03/2022

NGERE (Inserm U1256) and IJL, Institut Jean Lamour (UMR 7198 CNRS UL), Nancy

Ex-vivo Model of Inflammatory Bowel

Thèse

Inflammatory Bowel Diseases (IBD) are chronic inflammatory diseases of the gastrointestinal tract
with increasing incidence worldwide. Aberrant immune response to the commensal microbiota is
supposed to be a leading cause, but other factors including genetic susceptibility, ‘leaky’ epithelial
barrier, impaired bowel movement, and environmental factors (diet, stress, or smoking) are all thought
to contribute to the IBD development1,2
Aims of the project: We propose to create the first IBD-specific microfluidic gut-on-chip (GOC) which
can be personalized with biosamples of IBD patients (CHRU-Nancy) to mimic their own intestine to
better understand their physiopathology. The model will be compared to surgical samples taken from
IBD patients enrolled in the ongoing I-Bank project at Nancy University Hospital.

Déposé le 14/03/2022

Université de Strasbourg, Strasbourg

Maître de conférences Biologie Cellulaire/Immunologie

Emploi

La personne recrutée assurera des enseignements de biologie cellulaire, d’histologie animale et d’immunologie essentiellement sous forme de travaux pratiques et/ou dirigés dans les 3 années du cursus Licence. Elle devra posséder des compétences dans les nouvelles techniques d’imagerie et proposer des innovations pédagogiques.
Les champs des connaissances et compétences maitrisés devront couvrir plusieurs secteurs parmi : la cytologie et l’histologie, l’immunologie, la dynamique des populations cellulaires, les cellules souches

Déposé le 14/03/2022

IGBMC, Strasbourg

Engineer Position for a new Technology for Controlled Organoid Growth

Emploi

The Cell Physics Lab. in Strasbourg designed a new method to grow organoids with controlled dimensions and reproducible shapes. In close collaboration with Conectus, the project enters a new phase and we look for a motivated Engineer to drive the project towards the market.
The Engineer will be in charge of designs and major strategies for tests with a team composed of scientists and business developers. Depending on the candidate, the next steps could lead to the creation of a start-up or to a co-development with a Company.
Candidates can be trained in biology or in physics.

Déposé le 02/03/2022

Institut Curie, Paris

Engineer position on Tumor-on-chip technology

Emploi

Project title: Personalized lung-cancer-on-chip to understand, predict and overcome resistance mechanisms to immunotherapies

Tumor-on-chip (ToC) approaches reconstitute highly-controlled tumor microenvironments in microfluidic devices. They have been recognized as breakthrough 3D models for immune-oncology research. We recently succeeded in reconstituting ex-vivo the immunotherapy response of a lung cancer ecosystem to an immune checkpoint inhibitor (anti-PD-1).

The project aims at generating personalized lung-cancer-on-chip platforms with clinically-relevant cell models, i.e. primary autologous cells isolated from fresh lung tumor samples. Resistance to immunotherapy involves both cancer-cell-intrinsic and environmental features. The unique controllability of ToC experimental approach will be exploited to investigate some of the immunotherapy resistance mechanisms, not linked to the molecular features of cancer cells. In particular, we will focus on the role of stromal components, cancer-associated fibroblasts and vascular endothelium, as well as of O2 concentration (hypoxia).

This inter-disciplinary project, funded by Fondation ARC and coordinated by Maria Carla Parrini, will be developed as collaboration between Institut Curie (team of Fatima Mechta-Grigoriou), Institut Pierre-Gilles de Gennes for microfluidics (team of Stéphanie Descroix), Bichat hospital (team of Gérard Zalcman), and CNRS of Lille (team of Fabrice Soncin).

The candidate will work at Institut Curie, which is located in the heart of Paris, and will qualify for all social/health benefits of Curie employees. We are seeking for a candidate, with Master or Engineer or PhD degree, with a background in Cancer Cell Biology or Immuno-Oncology. Some experience in Microfluidics (organ-on-chip), Vascular Biology, or Cell Image analysis will be a plus. Salary will depend on experience, according to the current salary scale.

Candidates should send application (CV, motivation letter, 2-3 recommendation contacts) to: maria-carla.parrini@curie.fr

Our recent relevant publications

  1. Apoptosis mapping in space and time of 3D tumor ecosystems reveals transmissibility of cytotoxic cancer death. Veith et al, PLoS Comput Biol. 2021 Mar 30;17(3):e1008870. doi: 10.1371/journal.pcbi.1008870.
  1. In vitro bone metastasis dwelling in a 3D bioengineered niche. Han et al, Biomaterials. 2020 Dec 24;269:120624. doi: 10.1016/j.biomaterials.2020.120624.
  1. Models for Immuno-oncology research. Tumour-on-chip breakthrough. Parrini, Cancer Cell. 2020 Aug 10;38(2):145-147. doi: 10.1016/j.ccell.2020.07.010.
  1. Fibroblast heterogeneity drives metastatic spread through distinct mechanisms in breast cancers. Pelon et al, Nat Commun. 2020 Jan 21;11(1):404. doi: 10.1038/s41467-019-14134-w.
  1. Dissecting Effects of Anti-cancer Drugs and Cancer-Associated Fibroblasts by On-Chip Reconstitution of Immunocompetent Tumor Microenvironments. Nguyen et al, Cell Rep. 2018 Dec 26;25(13):3884-3893.e3. doi: 10.1016/j.celrep.2018.12.015.

Déposé le 02/03/2022

Transgene, Illkirch

Chargé(e) de travaux scientifiques pour la plateforme « tumor on chip » (H/F) en CDI

Emploi

Transgene est une société de biotechnologie, cotée sur le marché Euronext (Paris), qui conçoit et développe des immunothérapies innovantes, dont un vaccin thérapeutique personnalisé et des virus oncolytiques multifonctionnels.
Transgene poursuit son développement et recherche un(e) :
Chargé(e) de travaux scientifiques pour la plateforme « tumor on chip » (H/F) en CDI
Basé à proximité de Strasbourg, au Parc d’innovation d’Illkirch

Missions :
Au sein du département de recherche et innovation, vous mettez en place de nouveaux modèles tumoraux in vitro basés sur la microfluidique pour évaluer des virus oncolytiques :
• Vous concevez et réalisez des expériences scientifiques complexes de façon fiable et reproductible :
– Concevoir et conduire les expérimentations à l’aide de puces microfluidiques ;
– Etablir des modèles cellulaires complexes en 3D avec des cocultures cellulaires ;
– Etablir et maintenir des cultures de cellules primaires et tumorales ;
– Concevoir, réaliser et analyser des marquages en immunofluorescence ;
– Réaliser des analyses virologiques (infection, titration, caractérisation moléculaire).
• Vous documentez, analysez les résultats et participez à leur valorisation.
• Vous assurez une veille technique et scientifique :
– Se former régulièrement aux nouvelles technologies ;
– Être force de proposition.
• Vous organisez et gérez les ressources matérielles du laboratoire.
Profil :
Vous possédez un BAC+5 type Master/Ingénieur ou BAC+2/+3 complété par un minimum d’expérience de 5 ans.
Vous avez une première expérience avec des puces microfluidiques et des modèles tumoraux 3D. Vous maitrisez les techniques de culture cellulaire et d’imagerie et vous avez une bonne connaissance des méthodes d’analyses (test de cytotoxicité, ELISA, cytométrie en flux, RT-PCR…)
La maîtrise de l’anglais est indispensable.
La maîtrise d’un logiciel d’imagerie type FiJi ou NIS sera un plus

Déposé le 17/02/2022